علیرغم ذوق و شوق فراوان همکاران و نیز مسئولان محلی در مراحل اولیه طرح یک خانه ریاضیات و افتتاح و راهاندازی آن، مسائل و مشکلاتی در پیش روی برنامهریزان خانهها قرار دارد که موجب کندی فعالیت و گاهی تعطیلی موقت یا دائم این خانهها شده است، عمده این مسائل عبارتند از:
1- عدم درک استقلال علمی خانه از سوی نهاد حامی
2- فضای فیزیکی موجود و امکانات
3- تأثیر تغییر مدیریتها در سازمان یا نهاد حامی
4- عدم تأمین بودجه و حمایت مالی مناسب از طریق هیئت امناء که اجرای برنامههای پیشبینی شده را دچار اختلال و وقفه میکند.
5- عدم همکاری دانشگاههای محلی، ادارات آموزش و پرورش و شهرداریها و فرمانداریها به میزان کافی، متناسب با پتانسیل موجود در برخی از شهرها
کمبود امکانات و حمایتها میتواند خانهها را از اهداف خود دور کند و آنها را به بخشی یا ادارهای وابسته به هر نهادی اعم از آموزش و پرورش، دانشگاهها و یا شهرداریها تبدیل نماید و یا آنها را مجبور به تبدیل شدن به یک آموزشگاه کند، و به همین دلیل است که در اساسنامه شورا عضویت خانهها به مدت محدود پیشبینی شدهاست و مجوز ادامه فعالیت منوط به بررسی برنامهها، فعالیت و امکانات آنهاست.
راهحلهای حمایتی دیگر:
برای حفظ استقلال و ایجاد توان مناسب برای انجام فعالیتهای خانهها،تلاش زیادی تاکنون صورت گرفته که برخی به نتیجه رسیده و برخی هنوز نیاز به تلاش بیشتری دارد. راهحلهای مناسب عبارتند از:
1- استفاده از موقوفات
2- استفاده از کمکهای مالیاتی
3- انجام پروژههای تحقیقاتی، آموزشی(نظیر دورههای بازآموزی)
4- تعریف برنامههای مشترک و استفاده از امکانات نهادهای همکار
